马道子也得知三吴叛乱之事，正准备叫司马元显问询。

事关朝庭安危，司马家族的身家性命，父子俩抛开嫌隙，商议出兵平叛之事。要知道孙恩以征东将军的名义向天子上疏，请诛杀司马道子父子，为叔父孙泰报仇。

得知儿子为难不知派谁前去平叛，司马道子淡然道：“孙贼看似势大，其实不过是乌合之众，北府军至定然灰飞烟灭，孤觉得派谢琰前去更好。”

危难关头，司马元显不再狂傲，恳声问道：“父王，孩儿感觉派刘牢之前去平叛把握更大些，谢琰久不统兵，怕是纸上谈兵多些，别误了国事。”

自打四月权柄被夺，司马道子久不见儿子在自己面前俯首贴耳，捋着胡须教训道：“你年纪轻，历事尚浅，这其中的道理看不清情有可原。”

“还请父亲教训。”司马元显笑道。

司马道子不紧不慢地道：“谢琰率北府军南下，朝庭便可借其手掌握北府军一部兵力；其二，谢氏在三吴地区声望颇高，此次谢邈、谢冲被害，谢琰定然会尽力为自家兄弟报仇；其三，平叛之后不妨让谢琰坐镇三吴，这样一来北府军一分为二，朝庭亦好控制。”

司马元显讨好地笑道：“父王一步三算，孩儿远不能及。”

第二天，朝庭以天子名义下旨，会稽王司马道子假黄钺(黄钺，铜斧，天子诛杀专用之器，象征掌诛杀之权)，司马元显领中军将军，掌握建康军权；以徐州刺史谢琰督吴兴、义兴军事，讨伐逆贼孙恩。

当时，京畿四处贼偷蜂起，孙恩党羽亦潜伏在京中，想趁机而动。司马元显下令，建康城全城戒严、严加盘查，抓住孙恩信徒当即斩杀。

京口，刘牢之得知朝庭命谢琰统军平叛的消息后，上书朝庭要率军救援三吴。不待朝庭答复，刘牢之便命部将桓宝率三千兵马先行，其子刘敬宣率三千人马随后。

王恭死后，朝庭不光晋封了刘牢之，对北府诸将也有封赏，孙无终被封为