尼帕病毒最早在马来西亚的一个村庄里被检测出来，因此以该村庄的名字命名。它的杀伤力很强。1999年在马来西亚和新加坡共出现257个传染病例，其中100人死亡，病死率相当高。幸存者中超过一半的人留下了严重的脑损伤后遗症。

有关该病毒起源的第一个线索，来自人类病例的共同特征。绝大多数病人是在养猪场工作的人。起初调查者认为，引发疾病的病毒是日本脑炎病毒，这是一种借由蚊子传播的病毒，整个亚洲热带地区都有。然而病毒引发的凶险而独特的临床症状，使调查组断定这必定是一种尚未被发现的新型感染源。

尼帕病毒感染者早期都呈现出发烧、食欲减退、呕吐和类似流感的症状。但三四天后，临床表现出现了更严重的神经系统问题。病毒的影响因人而异。一些人瘫痪、昏迷，而另一些人则会产生幻觉。首批记载的病例中，有一人报告说看到猪在他病床周围四处乱跑。

核磁共振扫描显示病患大脑的一些区域有严重的损伤，死亡患者通常是在脑损伤出现后几天内死亡的。1999年在马来西亚和新加坡的病例中，未出现人际传染的情况。但之后在孟加拉国出现的病例里有记载显示，至少在某些情况下，病毒有可能人传人。

当科学家发现一种新病毒时，他们经常会迅速识别病毒的储主（reservoir）——供养病毒的动物。储主这一概念很有用，但也有缺陷。科学家们一律将动物按照科、属、种不同层次加以区分，但经常忘记这是以人类自己制定的标准来划分的。一个分类学家能明确地区分出疣猴、狒狒、黑猩猩、大猩猩和人类之间的差别。但正如我已经提及的那样，人类区分这些动物的标准经常与微生物无关。从病毒的角度来看，如果来自不同物种的细胞有合适的受体，生态联系又提供了合适的机会让病毒可以跨物种迁移，那么不管是狒狒的皮毛还是人的直立都阻止不了它。