下来的一段时间，伊贺元气大伤，而甲贺则趁势而起，也正是在这段时间里，甲贺和伊贺的矛盾纷争达到最严重的时刻，不过大多是甲贺忍者追杀伊贺忍者余党。
而后来德川幕府建立后，伊贺东山再起，这才重新拥有了与甲贺忍者相庭抗理的实力，一直延续到今。
而现在，双方持续了几百年的战斗，竟然以伊贺的又一次失败告终？