在神武十六年九月，长江湖北段发生溃堤，长江水倒灌武昌，死了数千人。朱宏三借着这个案子将整个长江沿岸，从上游的四川、贵州，中间的湖广、江西，下游的江苏、安徽，将沿岸各省主管水利设施、民政民生、赈灾放粮的官员全部处死，涉案官员达到二千六百多人。

神武十七年二月，朱宏三借着清查军队的时机，将军中的军头钱勇赐死，他的家眷充军，跟着钱勇一起死的还有五个师长、八个副师长、七个军法官，可以说钱勇在军中势力被清除一空。

接下来朱宏三放开手脚大杀，军中五大军头赵国栋因为秦王案子在神武十五年已经自杀，钱勇在神武十七年被赐死，剩下的王进宝、周玉、马昆也没逃了好，王进宝在神武二十年处死，周玉在神武十九年畏罪自杀，马昆算是善终，在神武二十年病死，但是他死后家产被抄，爵位也被削除。

其他军中所有高级武官都被清洗，朱宏三的禁卫军总管韩三强被杀掉，跟着钱勇血战江阴的韩世荣被杀掉，驻日本派遣军的赵国良被杀掉，在东北打赢俄罗斯人的段飞被杀掉，最后就连朱宏三女婿建宁郡王李元胤也没逃了，和朱洛的丈夫驸马赵虎在神武十八年一同被杀掉。这些高级将领空缺的职位纷纷换上忠于朱宏三的武将，这些武将都是当年童子营出身，只有他们才能得到朱宏三的绝对信任。

从神武十五年开始到神武二十年，朝中文武百官被杀掉八成，二十九个省的巡抚被杀掉三十六个，有几个省换上的第二任巡抚也被杀掉，其他布政使、按察使、都司等省级高官杀掉足有上百，至于知府、知县等小官更不用说了。有人估算过，在神武十二年中进士的二百七十八人中，能活到神武二十一年的只有十一人，其他不是被杀就是被充军流放。

从神武十五年到神武二十年，这五年间被处死的官员足有三四万，连同他们的家属足有二十多万人。作为首辅的佟养甲自然不能眼看着皇帝这