946年8月，军事委员会改组国防部，军统局的公开特务武装部分与军委会军令部二厅合并为国防部第二厅，郑介民任厅长；秘密核心部分组成国防部保密局，毛人凤为局长。

一九三一年“九一八”事变后，国民政府和蒋介石为了进一步加强中央政府的集权，以加强国家统一，为日后全面抗战做准备，效仿墨索里尼的“黑衫党”，在黄埔军人贺衷寒、戴笠、郑介民、康泽等“十三太保”的策划下，组织了一个以军人为主体的复兴社（有人称蓝衣社），1932年又在复兴社内设核心组织力行社，设有一个专门进行谍报活动的特务处，它是军统局的最前身。戴笠为处长。

一九三七年底，力行社特务处，与特工总部（1927年成立之“国民政府军事委员会密查组”）合并，成立“国民政府军事委员会调查统计局”。下辖二处，第一处负责党务，第二处则负责情报，并直接向委员长蒋中正负责。力行社特务处编为该局第二处。

抗战开始的1938年8月，该局重组，第一处另成为“国民党中央执行委员会调查统计局”（即中统），而军统局仍交由戴笠负责。除负责刺探情报，进行反谍工作外，军统局亦以刺杀等手段执行情报任务。

抗战期间军统局曾多次刺杀投日的军政人员，如暗杀张啸林、唐经，暗杀未成的有殷汝耕、季云卿、汪精卫、周佛海。而隶属bis的各个“游击司令部”和“交通警察大队”则深入日寇占领区开展广泛的游击战，对打击日寇和汉奸，起了不小的作用。

同时，军统也对**进行收集情报和暗杀，如1940年8月13日，**陈昭礼少将（全国战地动员委员会委员）在崇安吴公岭被事先埋伏的军统特务杀害。

也有一些军统人员投降日本，日本占领区的重要特务头子大多来自军统中统，如李士群、丁默村等。

军统局的组织形式是局-区-站-组-队，