关原之战之后，因为幕府势大，他投入到了德川家的帐下，被幕府任命为长州藩的支藩长府藩的藩主，并且一直都居住在江户，成为了历代将军的亲信。

他尽心为幕府效劳，娶了德川家康的养女，并且多次谋划过继续削弱长州藩的行动，曾经打算过诱使毛利家另一个支藩的藩主毛利就隆脱离毛利本家。

在毛利辉元死后，他以毛利秀就的监护人自居，一直在江户城内遥控长州藩的时局，被藩主毛利秀就深深记恨——这也是毛利秀就那么轻易就打算叛离幕府的一个重要原因。

所以，毛利秀就打算借着这个机会，把毛利秀元在藩内的亲信们一并以幕府逆党的名义铲除——尽管他们也许也一样想要投降大汉。