打倒镰仓幕府。

于是元弘三年后醍醐天皇在名和长年等人的帮助下逃离隐岐岛，逃至伯耆国船上山举兵讨幕。镰仓幕府的执权（镰仓幕府自从初代将军源赖朝之后，就是北条氏专权，将军也被北条家架空，其首领称为执权）北条守时派遣将领足利高氏前往征讨，但是足利高氏带着大军向那里进发的时候，因为一直早就心怀野心，却倒向了后醍醐一方，举起了尊皇讨逆的大旗。

足利高氏的军队攻陷了幕府的六波罗探题，然后一路向幕府进军，此后新田义贞在东国举兵，攻陷镰仓，北条氏和镰仓幕府就这样一起灭亡了。

回到京都的后醍醐天皇同时废除了幕府和摄关制度，建立了天皇独裁政权，由天皇自行任免官职，这就是之前历史上的建武新政。建武新政表面上是复古，事实上建立了天皇****政权，并且排斥武家，一般只重用公家之人。

然而，足利高氏（这个时候已经被天皇赐名为足利尊氏）的野心却并没有因为镰仓幕府的垮台而熄灭，他想的并不是做天皇下的忠臣，而是想要效仿源赖朝，自己也做架空朝廷的将军。他趁着后醍醐这一番激进改革、失去了武士们和一部分贵族势力的支持的机会，再度举兵，很快就打进了京都。

足利军入京后，后醍醐天皇曾逃往比睿山抵抗，但是足利尊氏建议达成和解，后醍醐天皇将三神器交出，并且幽禁了后醍醐天皇，再度宣布废掉他的天皇之位。

然而后醍醐天皇还是没有放弃，他再度找机会逃出了幽禁他的地方，然后声称交给足利尊氏的三神器是赝品，自己本人逃到了大和国的吉野，然后开设南朝朝廷，将足利尊氏等人指为朝敌，从此开始了日本的南北朝时代。

在新田义贞、怀良亲王等等将领的支持下，后醍醐天皇暂时维持住了朝廷的安稳，并且在几年后死去，死时还遗命继承自己皇位的后村上天皇“讨灭朝敌、夺回京都”。