破译了日本的密电码，并成功掌握了日本海军作战计划和战略部署，这样就掌握了战场先机。

日本方面的第三个致命的错误就是，作战计划的错误。首先，日本犯了分散兵力的错误。日本的舰只虽多，却被分为相互不能直接支援的六支，将2艘航空母舰用于遥远的北方，使得在中途岛方向主要靠南云舰队的4艘航空母舰，这4艘航空母舰上共有舰载机261架。而美国海军最大限度的集中部署自己的力量，全部可用于中途岛方向的飞机达到354架，在数量上反而占了优势。其次。在给南云舰队的任务是两个根本矛盾的任务。一个任务是空袭中途岛，为登临作战作火力准备。这就严格限制南云舰队的行动自由。可另一个任务确是与敌人舰队接触并歼灭之，这又要求南云舰队根据情况完全机动行事。由于没有指明哪个优先，使南云舰队无所适从。被迫在两个波次的飞机上装载了完成不同任务的弹药，后来因为更换弹药延误了时间，延误了战机，遭受灭顶之灾。第三，没有重视情报工作，对搜集情报的手段不重视，使得没有正确判明敌情。

另外日本方面作战观念的落后，也对此次海战的胜负产生了至关重要的影响。美国在珍珠港被击沉了所有的战列舰，反而使他们放开了束缚的手脚，建立了以航空母舰为核心的特混舰队，其他舰只都围绕保护航空母舰。而日本虽然运用舰载机取得了偷袭珍珠港的胜利，可海军中坚持以战舰作为海战决战的决定性力量的拥护者还大有人在，包括当时世界上最大的战列舰“大和”号在内的战列舰队被保存在柱岛锚地，用来将来决战之用。它们发挥的作用并不比珍珠港被击沉的美国战列舰大。日本海军不愿将战列舰和航空母舰混合编组为以航空母舰为核心的舰队，让战列舰为航空母舰提供对空掩护，致使南云舰队只得靠自己的巡逻机来保护自己。当遭到中途岛飞机攻击时，日本舰队只得将第二波飞机中的掩护战斗机起飞迎战，造成得到美