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见江宁被围，援兵一时半会不会赶到，陆建瀛觉得兵力不够，便命被撤职在江宁城中赋闲的原广西巡抚邹鸣鹤，在城内创办筹防局，又饬令城内各位乡绅募捐银两，出资大肆招募勇营充数，筹划协助守城。

城内民壮百姓不愿打仗送死，邹鸣鹤规定每人每日给一钱银子，登城加1倍，甚至呐喊也有50文铜钱，因为只要守城，不用出战，许多城内的游民无赖、地痞流氓之人均去报名。

另外，身为帝师的陆建瀛，为防守好自己的老巢，将城内的大炮全部调集到城头，城上安设大炮270余门s;。

整个江宁城防守指挥由两江总督陆建瀛和江宁将军祥厚两人负责。

陆建瀛率绿营主力集结于南面防御，江宁将军祥厚率领满旗兵，在东面驻守各门，另在城内保持千余旗兵为预备队，随时救援。其余雇募的上万名乡勇，由邹鸣鹤和布政使祁宿藻两人带领，分布城内各城门四处，以壮声势。

围住江宁城后，先锋大军指挥秦日纲并未派人立刻攻城，只是先抢占城外雨花台等有利地形。

虽未攻城，城内的清军却如临大敌。守城清军，特别是绿营兵，十分恐惧，屡屡滥放火炮为自己壮胆。

聚宝门清军未见一名太平军，却大小炮叠放不止，日费火药数千斤，布政使祁宿藻再三阻止，却仍然禁止，城楼上的火炮手双手颤抖着，不自觉地放炮，也不知道是想吓退城外的长毛，还是吓退自己的恐惧。

正月二十的凌晨，秦日纲终于派了三千太平军进至城外聚宝门外的街巷，准备架设大炮轰城，总督陆建瀛得知后，不顾祁宿藻劝阻，下令开炮轰击，直至黎明，弹药消耗殆尽。

见清军的聚宝门城楼上火炮不再响起，太平军趁机发动攻势，奔过吊桥，冲过秦淮河，直到城门之下，用火烧城门。清军慌乱之际，祁宿藻连忙命人泼水抛石，打死太平军二