臣跟他抗衡。王敦比祖逖的反应强烈十倍，因为他握有当时晋帝国最大的兵力。于是，他起兵东下，宣称要肃清君主身旁的奸臣。三二二年，攻陷建康，把司马睿所有的亲信大臣杀了个净光，但仍维持司马睿的帝位。就在当年，司马睿一病而死，儿子司马绍继位。三二四年，司马绍下诏讨伐王敦，王敦再起兵东下，这一次他决心取消司马家的统治。但他没有上一次那么好的运气，在围攻建康（江苏南京）时，他病卒军营，军队溃散。

司马绍只当了三年皇帝，于三二五年逝世，他的五岁儿子司马衍继位，由二十余岁的年轻母亲庾太后抱着孩子听政，庾太后的兄长庾亮当宰相。庾亮跟镇守历阳（安徽和县）的大将苏峻不睦，他下令征调苏峻当农林部长（大司农），在动乱的时代里，没有一个将领肯心甘情愿地放弃军权，苏峻不能例外。他上报告说，宁愿调到北方边界青州（山东北部）与敌人作战。庾亮硬是不准，苏峻遂起兵叛变。三二八年，苏峻攻陷建康，庾亮逃走，他的妹妹庾太后自杀。不过苏峻在不久之后的一次战役中，坐骑忽然跌倒，被勤王军射死，内战才告一段落。

晋帝国除了不断地打内战，还面临着另一个形势，即北方大批流亡客跟江南土著人士之间，发生严重的冲突。这些流亡客大多数由一个家族集团或一个乡里集团组成，他们并不以逃难者自居，反而以征服者自居。到达一个地方，立即着手开恳荒地，或借着政治力量，向土著的耕地侵蚀，更垄断山川湖泊，成为当地的新主人。我们举一个不著名的小地主孔灵符为例说明。孔灵符身无一文的逃到江南，但不久就在永兴（浙江萧山）拥有一个周围十六公里的庞大庄园，包括二百六十亩农田，两个山岭和九所菜园。孔灵符不过是一个官员的弟弟而已，本身还不是官员。我们可以合理的推断其他干万个孔灵符和千万个比孔灵符更有势力的人，所加到土著身上的迫害。

南迁的晋政府实质上是