原本岛原藩和天草藩的平民大部分都是心向着起义军的，只是起义军一直没有攻克这两个藩的主城，到时候幕府大军一来，躲都没地方躲，败亡只是迟早的事情，所以大多数人都不敢加入。

这两座主城一下，两藩的平民终于看到了希望，纷纷踊跃加入起义军，起义军人数猛增，很快就达到了上十万！虽然这中间真正有战斗力的只有堪堪五万人，但这已经足够了，要知道，他们手里可有四五万把鸟铳和火绳枪，还有三百门荷兰火炮，装备比幕府军队先进多了。

此时已经是十二月初了，德川幕府终于做出了反应，急派板仓重昌为幕府专使，赴九州镇压起义军。板仓到达九州后，对起义军发动两次进攻，均告失败。

幕府再派松平信纲前往九州督战，松平信纲以十二万大军围困岛原城，历史有点相似，但是，这次天草四郎守的可是一座完好的城池，而且他手下还有五万青壮，还有火枪，还有火炮，十二万大军又能如何！