了抵抗能力，菲律宾总督眼瞅着坚持不下去，于是只得派人找独眼龙谈判。

独眼龙下令他们立即无条件投降，否则的话攻入城中，将屠杀掉所有城内的西班牙人以及抵抗过大中军的所有人。

西班牙殖民者实在是没有办法，只得宣布投降，打开了马尼拉城的城门宣布投降，然后被大中军全部抓起来，其中军官和总督被送回到大中朝，入京献捷，随后独眼龙指挥兵马，在菲律宾各地开始清除西班牙人残存的据点和势力，并且率领船队四处出击，把西班牙人在周边岛屿上的一些城堡据点也纷纷摧毁或者攻克。

对菲律宾的整个战事，整整持续了三个多月的时间，一直持续到了大中朝承天四年初的时候，才算是彻底结束，西班牙人在菲律宾建立起来的所有殖民点全部都被大中军攻占，俘获纯种西班牙人两千余人，另外还有西班牙人雇佣的欧洲和亚洲甚至还有印度的雇佣兵水手七百多人至于那些本地土著黑皮猴子们，就更是被俘了五千多人，当然被大中军干掉的那几千人不能算在其中。

随后大中皇帝于孝天，宣布彻底收复吕宋，并且把菲律宾全境宣布改称为吕宋省，并入大中朝疆域之中，派驻官员前往马尼拉城，将马尼拉城也改名为南吕城，今后负责对整个吕宋省进行管理，派驻六千大中军和一支拥有二十艘战船的吕宋分舰队驻守马尼拉以及吕宋岛各地。

至此西班牙人在菲律宾的殖民历史也彻底告终，被赶出了吕宋岛。