青海、甘肃、陕西、宁夏几省，原是汉回杂处。捻军未至西北前，满清统治者故意制造民族纠纷，让汉抑回。西北回族对满清统治固然不满，而对汉人也有仇恨。回汉两族，同受满清挑拨，互相攻杀。西安、大荔一带二三十县，汉人死者不下数十万。

西捻入陕后，积极联络被压迫的回民，回民也风起云涌，组成了一支有相当力量的起义军。捻回力量一直扩展至陕北，甘肃回民也起兵接应。当时捻军自南而北，回军自西（甘肃）而东（陕西），纵横各千余里，陕北就是两军的交汇点。左宗棠老奸巨猾，一面驻重兵于陕西耀州，“奏疏”清廷说：“以地形论，中原为重，关陇为轻；以平贼论，剿捻宜急，剿回宜缓；宜驻重兵于耀州，以防捻回合势。”在军事上，已经是故意将捻、回分别对待，制造两方面的猜疑。一方面更积极挑拨汉回兄弟民族间的恶感。例如“法律”规定：回人杀死汉人，一条命要赔十条命，汉人杀死回人，十条命才赔一条命。名义上是“让汉抑回”，实际上是故意造成两族间的不平等。因此就是在捻军入陕后，回汉两族的纠纷，仍是未能根本解决，潜伏着一股仇恨的逆流。

卓不凡在西捻军中，负责联络甘肃的回军，和回民中的一个女英雄马凤姑发生情愫。但以种族间的成见，马凤姑的家人戚友，多不同意，加以当时军情正急，婚事遂迟迟未定。而在这期间，捻军回军也遭受了左宗棠分化的毒计而溃败。

左宗棠摆出以主力对付捻军，放松回军的姿态，威胁利诱，诱降了当时回族白山教的教主马化龙，叫马化龙招各地回军到陕北金积堡缴马匹军械就抚。回军到齐缴械后，左宗棠突然纵兵大杀，不留一人。事后还得意洋洋写信给朋友说，这是他生平杀人最快意的一次。

回军被左宗棠毒计杀灭后，捻军势孤，也被击溃，而左宗棠更利用西北一部分汉人仇回的心理，趁回军溃败之际，残杀回民，更扩大制造两族间的“血