在墨菲斯的带领下来到了锡安！

此时锡安的船长们正在开会，控制中心确认有25万只机械乌贼正朝着这边飞过来，将在72小时内攻入锡安。

但很多船长并不相信这个情报，墨菲斯在会议现场请求另外一名船长帮忙等待先知的消息，然而会议被一个神秘客人的到来给打断。

原来，尼奥的老朋友史密斯特工死而复生，不再受矩阵的控制，并拥有了自我复制的能力。

当墨菲斯的飞船回到锡安充电的时候，李文渊被眼前这个庞大、明明是科幻却又充满复古情调的人类最后基地给吸引住了！

“简直跟小说里面描述得一模一样！”

然而墨菲斯却跟锡安的议长等人就如何防御机械乌贼的进攻展开了激烈的争论。

夜晚，成千上万的锡安居民赶到圣殿，墨菲斯发表了激动人心的演讲。

尼奥感到矩阵之后就跟先知会面，而先知的守护者塞拉弗的代码却是闪烁着的金刚，跟绿色的矩阵代码完全不同！

两人在经历了一番打斗之后，塞拉弗确信尼奥就是救世主，带他进入了程序员出入的后门程序。

当先知走后，史密斯特工再度现身，只不过尼奥的能力比之前更为强大，哪怕复制出一大堆史密斯特工也没能将他击败。

后面出场的人物非常多，为了找到钥匙匠，尼奥他们来到了矩阵中另一个和先知一样古老的程序梅罗纹加的地盘。

紧接着，影片的高.潮部分就来了，尼奥为了掩护墨菲斯和崔妮蒂他们，留下来和梅罗纹加进行了一番打斗。

而梅罗纹加手下最邪恶的双子幽灵也追踪墨菲斯他们来到了高速公路。

在这里，墨菲斯、崔妮蒂、还有双子幽灵、矩阵特工三方进行了一场惊心动魄的汽车追逐战以及搏斗！

史诗级的配乐，加上全片最令人难忘的集特效之大成