然因为萧敬年老，不予逮捕，但仍罚了他的钱，并把他罢免.正德十六年，武宗病逝，无子，由藩王朱厚入承帝位，就是明世宗。世宗因为萧敬德高望重，又熟悉宫廷各种事务和礼制，所以特地诏令他入宫，管理机务。世宗到南北郊祭祀，逢年、节、四时用酒食祭拜太庙，视察国子监，耕籍田的时候，都由萧敬侍从。

这时萧敬已经是八十五岁高龄了，但仍然头脑清楚，精力充沛，在宫中进退周旋，行步不差尺寸。但是弹劾萧敬的官员亦不少，如张原在《请逐太监萧敬疏》中，说他“囊橐积资不下一二十万”。毛伯温弹劾他阴谋援助已被判死罪的宦官张锐、张忠等，请亦判他死刑。萧敬请求补监局工匠一千五百人，兵部尚书彭泽坚决反对，世宗亦接受了彭泽的意见，等等。但是，这些情况在大学士杨一清给他写的墓表中，都没有反映。

嘉靖元年，萧敬屡受廷臣弹劾，请求告老退休。世宗准了他的请求，并念他过去的功劳，除年俸外，每月再加米十石;每年拨人夫十人给他役使;逢年过节都像过去一样赐给时令食品。这样的待遇，比退休的内阁大学士还要好，也是以前的宦官从未得到的。

嘉靖七年，萧敬在宫外私宅病逝。明世宗命司礼太监赖义负责丧事的礼仪，御马监太监韩锡等综合办理有关丧葬的事。谕祭三坛，赐新钞三万缗。敕命要切实办好棺木、造墓、建享堂等事。皇太后赐给白金一百两，文绮四表里。大学士翟銮为他撰墓志铭，杨一清为他写墓表。萧敬悟性很好，小时读书就能明道理，后来更利用宫中藏书丰富的有利条件，博览典籍，故学识丰富。他写的诗品格清高飘逸，没有华丽的语句。他的书法开始时是临摹欧帖，后来转为沈体，尤其爱好草书。

他历侍六个皇帝，仕途也有起伏曲折，但亦四次任司礼监秉笔太监，四次任司礼监掌印太监，前后长达五十年。他名下的宦官有百人之多。他对待士人温和恭敬，杨一清在内