被迫撤回了根据地肥后，菊池军以隈府为中心沿菊池川和木野川构筑了十八外城，再配以本城西方的要塞水岛阵与北军对峙。

次年发生了对九州格局影响深远的“水岛之变”，三人众中的少贰冬资被今川了俊杀死，岛津氏久一气之下率军返回领国，给了南军反攻的机会，将了俊逼退回肥前国，随后菊池武朝、阿苏惟武进军肥前国但好景不长，随着肥前蜷打之战的战败，菊池武安、武义、阿苏惟武等南军将领先后战死，南朝收复肥前的计划宣告失败。

随后今川了俊再次攻入肥后国，隈府城的卫星城，城野城、吾平城、河内城、菊池馆城等城池相继被攻克，在今川了俊的指挥下，北军从板井向隈府城发动进攻，在经历了五个昼夜的攻防之后，菊池本城陷落，菊池武朝和征西将军宫良成亲王前往益城守山，后又逃往宇土城。

但在本城陷落之后，菊池氏依然联合肥后诸势力与今川了俊对抗，虽然先后在肥后国龟崎城击败今川义范，又在腰尾城战胜今川仲秋，但随着南朝势力陆续降伏，今川了俊集结肥前、筑前、丰后、筑后诸国大军再次进攻征西府，宇土城被攻破。

菊池武朝带领的菊池氏，是最顽固的南朝势力，没有之一，直到明德合约南北朝统一之后，菊池武朝仍然继续与幕府作战，应永二年今川了俊被召回京都，菊池氏与新的九州探题涩川满赖又激战了三年，直到应永五年，也就是十年前，菊池武朝才归降室町幕府。

室町幕府承认菊池氏原有领地的支配权，并仍然保留其肥后国守护大名之职，但九州岛的形势依然紧张，各派系之间勾心斗角，菊池氏与宿敌少贰氏、大友氏联合，对抗探题涩川氏和大内氏。

而在去年，菊池武朝这位“最后的南朝武将”去世，其嫡子菊池兼朝继位，继续坚持对幕府的敌视态度。

今年明军登陆名义上是受后龟山天皇所请，来“天兵助剿”幕府以后，菊