及州刺史进行了调整。北雍与河套地区合为雍州，刺史为孟龙符；凉州刺史索邈，州域为武威、西平、西郡、张掖、酒泉、敦煌，如今张掖已下，剩下酒泉和敦煌还在沮渠蒙逊手中。

杨安玄致信索邈，江南战事已平，年底前将征调五万兵马前往姑臧，争取将沮渠蒙逊的凉军逐往吐谷浑，然后以凉军为先锋，侵袭吐谷浑疆域，最后将吐谷浑收为治下。

秦州刺史依旧是蒯恩，司州刺史杨安玄不可能再兼任，授予王镇恶；兖州刺史毛修之在杨安玄东巡后，决定回朝任后将军、中书监，兖州刺史由朱龄石接任；北冀州和北青州被杨安玄合并为青州，以胡藩为青州刺史，诚国公杨孜敬回洛阳担任司空。

原雍州与豫州数郡合并为襄州，江陵、江夏划归襄州管辖，刺史委任赵田；梁州刺史依旧是冯立；益州刺史阴绩；宁州刺史为张锋。

长江以南的荆州与湘州再度合为荆州，刺史派任杨安远；豫州刺史沈庆之；江州刺史朱超石；扬州刺史王慧龙；广州刺史刘衷。

交州刺史仍任用刘宋时的刺史杜弘文，杜弘文是原交州刺史杜慧度之子，杜家在交州根深蒂固，刘义隆归降后，杜弘文迅速上疏洛阳，表示归顺之义，天高皇帝远，杨安玄一时不想动交州。不过，掺砂子是要的，杨安玄任命杨绰为交州别驾，带了两百亲卫前去赴任。

利用新朝建立之机，杨安玄下旨地方官吏重新清仗田亩，将门阀世族侵占的土地重新分配给百姓。同时，大量科举取中的官员下派到郡县为官，杨安玄让御史中丞孔鲜、廷尉何青以及商情司派遣人手考课地方官吏，借机整顿吏治，惩治贪官，清理庸官、冗官。

针对朝野对其立双后未立太子的议论，杨安玄下旨，命襄王杨愔前往襄阳，组织推广儒学，督襄、荆、宁、益、梁五州军事；勇王杨翼坐镇长安，督凉、秦、雍三州军事，招收兵马，筹备粮草辎重，平定凉州；安王杨锐