如此，刘衍便将大明的军权一分为三，统兵权归国防部，调兵和方略的制定归参谋部，兵备武装归装备部。今后各地总兵官、总督只有带兵的权利，至于装备的供应、方略的审核，这些权力都将收归朝廷，如此可以有效大夫防止拥兵自重的情况发生。

当然这种操作也会造成宋朝那样的结果，那就是军队的战力下降，各个机构之间互相扯皮。

不过刘衍也有解决办法，那就是将在明军中大力普及火器，今后的明军将全部参照新军的模式进行整顿，用装备优势和战术优势来抵消制度造成的战力消减。

新增商务部，以幕府商部部长宋公明为尚书，负责经营原幕府各处产业。

刘衍此番将幕府下属的产业全部“上交”朝廷，所有收益划归财部国库，这些产业也摇身一变，全都变成了大明版的“国企”，算是为大明开辟的一个重要财源。

当然，这些钱粮虽然是移交给了朝廷，可是现在这个朝廷却是刘衍掌控的，依然没能超脱刘衍的控制。

随着宋公明成为大明商务部的尚书，原本各处产业的主事也水涨船高，和火器督造处谭晓大、兵甲督造处主事徐乐，以及原幕府各司司丞一样，全部定为侍郎级别，以下火器坊、火药坊、采石场、矿业基地等主管，都是员外郎级别。

新增卫生部，由幕府医部部长鲍学镇为尚书，负责在大明各地建立医馆，发展卫生事业、防治瘟疫，培养医匠、研制随军药品等事务。

同时，刘衍的这份方略还整顿北镇抚司、南镇抚司，将南、北两司合并为军情部，由幕府情报司司丞吴国金出任尚书。

军情部的内部依然保留南北、镇抚司的建制，北镇抚司对外震慑周边部落、国家，南镇抚司对内监视百官，全部都有侦查、审问、抓捕、暗杀等各项职能。

至于幕府，刘衍决议取消幕府政务部，部长王文镇改任