但濑户内的平静只维持了数月。天庆三年八月，纯友再次起兵，短时间内就掳掠了伊予、赞岐、阿波三地，烧毁备中、备后的兵船。十月，大败大宰府警固使的官兵。十一月，焚毁周防的铸钱司。十二月，决战土佐八多郡。长门国府和丰前宇佐宫也遭其袭击。

将门之乱起初只是一族之争，纯友起兵从一开始就是叛乱。

此时，被新任命为追捕使而加入小野好古阵营的，便是镇压将门有功的源经基。

纯友本想攻上京城，却没能实现。因为在东国起义的将门已经被俵藤太等人镇压了，京城方面集中兵力讨伐西边的纯友即可。

纯友率兵船一千五百艘与小野好古等人大战，到了第二年——天庆四年，赞岐之乱的祸首藤原三辰被斩首，之后，次将藤原恒利投降了官兵。

纯友赶赴大宰府，将其占领，在博多津与追捕使展开决战。结果战败，纯友逃往伊予。就是在这里，纯友与儿子重太丸一起，被伊予警固使橘远保俘获，枭首示众。

此时，为镇压将门而被委任为征东大将军的藤原忠文，再次被任命为征讨纯友的征西大将军。可是，不等忠文上战场，纯友便已被远保正法。

就这样，两大叛乱都被镇压了。

平定将门是在天庆三年。镇压纯友是在翌年，即天庆四年。

“当时，倘若没有藤太大人讨伐将门，恐怕京城现在已是这二人囊中之物了。”好古对藤太说道。

“东西之乱虽已平息，可是，自平息之日起，短短的时间内，参与征讨的人却相继死去……”

捕获纯友父子，将其斩首示众的橘远保，于三年后，即天庆七年亡去。再三年，原征西大将军藤原忠文去世。又过了两年，忠平离世。

远保是在从宫廷返回途中遇袭，惨遭杀害，身体被乱刃分尸，头被砍掉，横尸路边。忠文在自己府中熟睡之际，遭到贼人袭击