择机收回台湾，击退荷兰人，清除海患。
同时他准备在南京组建蒸汽机带动的铁甲战船船厂，因为这里紧临长江，沟通大海，很适合建深水港。建立一支现代化的强大海军，以应对此时称霸世界海域的葡萄牙、荷兰、英国海军。
之后他分别改任吴三桂为京城提督，坐镇京城，又任命李定国为关宁武经略、高杰为河北武经略、黄得功为山西武经略，备战清军。