但在职权划分上又多有重叠之处，经常发生几个分队的宇智波忍者同时调查同一个事件。

而且，警务部事务还和暗部、封印班等机构协调处理事务，但各分队长脾气各有不同，经常会和负责协调的其他部门闹得很不愉快，有时甚至闹得一地鸡毛需要警务部总长亲自去搽屁股收拾残局。

所以，在宇智波德光的改革方案中，对原有分队制进行改制，设立警务总部机关及专业事务警务组。

改制后，警务部总部由警务部总长直辖，管理机关设总长办公室、警卫队、副总长办公室、资料室、机要室、人事科、财务科、装备科，

而专业事务警务组每组设主管一员，具体有重案组、情报组、打击非法组织及反间谍组、特别行动组、要员保护组、后勤保障及警员福利组、快速反应组、保卫组、教导组、宣教组等等。

原警务部直属监狱改制则改名为为惩教处，直属警务部总长，由警务总长指派一名上忍担任主官，其职务为惩教署处长，下设拘留所、刑事所、劳改所，各设所长一员，每所人员由专业行动组抽调人员组成。

另外，宇智波德光还以保障警务部人员身体健康的名义提议设立警务医院，管理机关设警务医疗处长一员，主任医师三员，分管急诊科、救护科、疗养科。

同时，之前还有些名不正言不顺的警务部预备训练学堂也以完善警务人员后备力量建设的名义改称为警务预备学校，负责新入编之警务人员教导训练工作，其管理机关设警务教导处长一员、主任教官二员、教务秘书五员，警务预备学校设五年学制，每学年设年级长一员，教导员五员等。

原有的警务分队则直接改为地区警务行署，共计立三大行署，行署机关分别设立署长一员，佐署一员、机要秘书一员、佐吏若干，每个行署下辖巡逻组、搜检组、机动组、治安组、突击组、财务及预决算组等等。