般人出行都是坐船，所谓“北人乘马，南人乘舟”，自古已然。

到得杭州以后，自运河折而向北，这晚在杭州听到消息，清廷已因此案处决了不少百姓官员，庄廷珑已死，开棺戳尸，庄允城在狱中不堪虐待而死，庄家全家数十口，十五岁以上的尽数处斩，妻女发配沈阳，给满洲骑兵为奴。前礼部侍郎李令皙为该书作序，凌迟处死，四子处斩。李令皙的幼子刚十六岁，法司见杀得人多，心肠软了，命他减供一岁，按照清律，十五岁以下者得免死充军。那少年道：“我爹爹哥哥都死了，我也不愿独生。”终于不肯易供，一并处斩。松魁，朱昌柞入狱候审，幕客程维藩凌迟弃市。归安，乌程的两名学官处斩。因此案牵连，冤枉而死的人亦死不计其数。湖洲知府谭希闵到任还只半月，朝廷说他知情不报，受贿隐匿，和推官李焕，训导王兆祯同处绞刑。

吴之荣对南浔富人朱佑明心下怀恨最深，那日去打秋风，给他抢白了一场，逐出门来，当下向办理此案的法司声称，该书注明依据“朱氏原稿增删润饰而成”，这朱氏便是朱佑明了，又说他的名字”朱佑明“，显是心存前明，诅咒本朝。这样一来，朱佑明和他的五个儿子同处斩首，朱家的十余万财产，清廷下令都赏给吴之荣。

最惭的是，所有雕版的刻工，印书的印工，装订的钉工，以及书贾，书铺的主人，卖书的店员，买书的读者，查明后尽皆处斩。据史载，其时苏州浒墅关有一个榷货主事李尚白，喜读史书，听说苏州阊门书坊中有一部新刊的明史，内容很好，派一个工役去买。工役到时，书店主人外出，那工役便在书铺隔壁一家姓朱的老者家中坐着等候，等到店主回来，将书买回。李尚白读了几卷，也不以为意。过了几个月，案子发作，一直查究到各处贩书买书之人。其时李尚白在北京公干，以购逆书之罪，在北京立即斩决。书店主人和奉命买书的工役斩首。连那隔壁姓朱老者也受牵连，说他即知那人来