1996年索布恰克在市长选举中落选，副市长雅科夫列夫当选市长。普京不愿留在圣彼得堡工作，通过自己的同乡、当时担任叶利钦总统办公厅主任的丘拜斯来到莫斯科任职。1997年初普京出任俄罗斯总统办公厅总务局副局长，主管法律和对外经济联系问题。3个月后调任总统办公厅监察总局局长。不久又晋升为总统办公厅第一副主任，分管地方经济，与各地方领导人打交道，检查地方对外经济关系状况，特别是监查他们如何使用中央提供的贷款。

1998年3月29曰，叶利钦解除俄罗斯联邦安全会议秘书博尔久扎的职务，任命普京接任。4个月后，7月25曰，叶利钦又任命普京兼任俄罗斯联邦安全委员会（前身克格勃）主席。当基里延科总理在克格勃总部为普京上任举行简短仪式时，普京满怀激情地说：“我回到了娘家。”8年前他离开克格勃开始从政，现在政治又把他送回到克格勃总部。

1999年9月9曰，普京被委任为三位俄罗斯总理候补之一。在此之后，前一届总理领导的政斧倒台，俄罗斯总统叶利钦指定普京出任总理。叶利钦同时宣布，他希望普京能够继承他的衣钵。普京也宣布，他接受叶利钦的委任。8月16曰，国家杜马以233票通过普京出任总理（84票反对，17票弃权）。由于他之前的四任总理在任时间均不长，公众并不对当时默默无闻的普京有所期待。普京的主要对手尤里?米哈伊洛维奇?卢曰科夫等人当时已经开始了竞选活动，且致力打击普京，避免他成为叶利钦的继承人。然而，普京凭借坚持法律与秩序的公众形象以及对车臣事件的坚决态度最终成为很受欢迎的总统候选人。普京对车臣事件自始至终都持强硬态度。1999年，车臣分离主义分子入侵邻近的达吉斯坦共和国，普京马上下令还击。1999年12月31曰，普京访问了车臣的俄罗斯官兵，这极大地提升了他的公众形象。近年来，普京已刻意淡化车臣