内部矛盾也非常复杂，要想了解当年西藏复杂的局势，还得从桑结嘉措这个人说起。五世达赖对桑结嘉措特别喜爱，桑结嘉措八岁的时候，他就把他召进布达拉宫。要知道，桑结嘉措不是什么灵童，这种特殊的照顾不免有些蹊跷。

关于桑结嘉措的身世，西藏一直流传着一个传说，说桑结嘉措是五世达赖的私生子。当然，也有一些人认为像五世达赖这样的高僧不可能做出这样的事情。不过，我们在五世达赖的传记里还是可以发现一些可疑的迹象。1652年（顺治九年），五世达赖进京之前的某天，从哲蚌寺到色拉寺去，沿途经过了拉萨贵族仲麦巴的家，并在那里过夜，当晚，仲麦巴的主妇侍寝，也就是陪他睡觉。传记采取了隐晦的说法，说千手观音化身的达赖在那里遗留了一颗宝珠。

后来，鉴于五世达赖对桑结的特殊感情，很多人相信这个传说是真的。

五世达赖将桑结接到布达拉宫以后，对他精心栽培，不仅想把他培养成一个学者，更希望让他成为自己的接班人。1676年，第三任第巴辞职时，达赖指定桑结嘉措继任这个位置。第巴相当于藏王，是西藏这块地方最高行政长官，地位仅次于宗教领袖达赖。对于这样的一个职位，桑结嘉措以自己太年轻、资历不够为由拒绝了。布达拉宫的财务总管扎仓涅巴罗桑巴金担任了这个职位，不过他仅仅是起一个缓冲作用，目的是让桑结嘉措稳着陆。三年后，这个人就辞职了，桑结嘉措稳稳地坐上了这个位子。

五世达赖还专门颁布文告，详细介绍桑结嘉措的学识、品德和能力，希望僧众同意他当上第巴。这份文告至今还在布达拉宫正门入口处德阳厦过厅的南墙上，下面端端正正地打着五世达赖的两只金粉手印，由此可见五世达赖的良苦用心。

康熙二十一年（1682年）二月二十五日，五世达赖在布达拉宫圆寂，这就意味着西藏最高权力出现真空。桑结嘉措果断地做出