分三路进攻厦门、金门和泉州。除了泉州一路，清军大败外，另外两路都取得了胜利，攻克了厦门和金门。

康熙三年（1664年），镇守铜山的周全斌降清，郑经率领战舰撤到台湾。就这样，郑成功经营多年的沿海根据地全部落入清军手中。

康熙六年（1667年）五月，清廷派遣福建总兵孔元章，带着郑经舅舅的信前往台湾和郑经协商，希望两岸进行通商。清廷主动示好是有条件的：郑经必须向清廷俯首称臣，定期纳贡，并送子入京做人质。郑经也提出了自己的条件：不剃发，像朝鲜那样拥有高度的自主权。对此，清廷不能接受，谈判破裂。

后来，孔元章又几次赴台协商，但都没有达成共识。不过，在这过程中，郑经巧妙地实施了一个反间计。他在言谈中不经意地问了句：“听说施琅和阁下关系好，有没有文书作为交往的凭证呢？”

孔元章听在心里，回去后把这事马上告诉了清廷。清廷还真像蒋干一样中计了。

施琅是福建晋江人，早年是郑芝龙的部将。顺治三年，施琅跟随郑芝龙降清。后来，郑成功邀请施琅一起反清，施琅拒绝了他。郑成功一怒之下，将施琅的父亲、弟弟、一个儿子和一个侄子都杀了。由此，两人结下深仇大恨，施琅发誓要报仇。

施琅从小就生活在海边，水性很好，而且对郑氏知根知底，可以说是康熙收复台湾的一个利器。康熙元年，施琅被提拔为福建水师总督，在攻克厦门和金门的战役中，施琅都立下大功。康熙三年（1664年），清朝授予施琅为靖海将军，负责训练水师，为渡海攻台作准备。

施琅的事业正在步步高升之时，孔元章忽然把这个消息告诉清廷，清廷不免怀疑施琅跟郑经勾结。清廷原本对于降将就不是很放心，便将施琅调到京城监视，授官内大臣。随后，清廷撤销水师，焚烧战船，将水师调到外省，导致攻台计划流产。