，虽然使得埃及帝国的版图不断的增加，却是让其内部矛盾重重，无论是国内的阶级矛盾还是被征服地区的民族矛盾，都变成了火药桶。

这是一个在历史上空前强大的奴隶制国家，在埃及帝国之前，尚且没有出现过如此好战如此强大的奴隶制国家，为了解决内部这些问题，埃及帝国使用了总督这个办法，图特摩斯三世非常的聪明，他每攻占一个地方，就会在这里派遣总督，与这里原先的统治者合作管理。

同时，他会将这里统治者的孩子带到埃及，用埃及的方式来教育他们，让他们变成“二鬼子”，再放他们回去继承当地的统治权，然后，这里就变成了埃及的忠实傀儡。为了更好的进行统治，埃及帝国扩大了统治阶级，原先的官吏是从王室里挑选的，这个时期是从贵族以及法老子弟里选出来的。

这当然也导致负责祭祀的神职人员们的势力不断的增加。

古代埃及君主专制的最显著特征，是王权同神权的联盟。国王利用祭祀来增加自己的统治神圣性，而祭祀则是利用国王来谋取利益。在新王国时期，也就是埃及帝国时期，这种联盟却出现了破裂，当时的主神是阿蒙神。在埃及帝国不断胜利的时候，祭祀们将这种胜利都放在了阿蒙神的庇佑之上。

阿蒙神庙的势力越来越强大，开始插手国王的继承问题，甚至勾结贵族，成为国王的反对派，国王对阿蒙神庙忍无可忍，终于，在图特摩斯四世的时候，他抬出了一个古老的神。

那位神叫阿吞，他的形象是一个太阳圆盘。

甚至也一度抬出了古老的拉神。

随后继位的阿蒙霍特普四世，则是用了更加激烈的办法，他直接废除了对阿蒙神和其他一切神的崇拜，只准崇拜阿吞神。他将国王的名字改为阿赫那吞，取义为阿吞神的光辉，全力攻击阿蒙神庙。改革初期还是很顺利的，可是，在他死去之后，改革就失败了。