了毁灭性的打击，其意义类似于哈丁战役对于耶路撒冷王国的意义。骑士团国就此走上了衰亡的道路。

外战惨败后骑士团国从上到下又陷入了内乱。农民不满骑士团的横征暴敛，起来反抗;骑士团内部的权力斗争愈演愈烈;各城市和地方贵族因为缴纳高额赋税离心力也越来越强。

这种情况下，贞德亲眼见过的条顿骑士给了她一种非常糟糕的感觉, 所以她听梁恩说到条顿骑士团后自然对他们评价不高。

接下来漫长的时光中, 骑士团就每况愈下。1440年, 53位贵族和19个城市在马林堡建立了旨在反抗骑士团专横统治的普鲁士联盟。

1453年，普鲁士联盟与波兰结成同盟, 由此引发了连续13年的战争, 直到1466年签订第二次托伦和约方才结束（十三年战争）。

这次和约使得骑士团国又损失了大量的领土，其中包括马林堡。在政治上，骑士团国要承认臣服于波兰，这一条在骑士团内部引起了极大的争议。

德意志分团希望从神圣罗马帝国和教廷那儿获得支持，1494年，德意志分团长承认臣服于神圣罗马帝国皇帝马克西米连一世。

外患内忧之下，此时的骑士团国已经走到山穷水尽之处。路德的宗教改革使骑士团再一次走上历史的分水岭。

1511年，来自霍亨佐伦家族的年仅21岁的阿尔布雷希特被选为条顿骑士团第37任大团长，他也是作为一个军事修会的条顿骑士团最后一任大团长。

在当时著名的宗教改革家路德的建议下，阿尔布雷希特辞去条顿骑士团大团长一职，将骑士团国世俗化，改为公国，在公国内进行宗教改革。

骑士团内部的保守势力以及德意志的天主教贵族对他的的改宗十分不满，不过他在1527年娶了北方强国丹麦国王腓特烈一世的女儿，反对派对他无可奈何。