，西伯利亚铁路全线彻底变成了战场。

捷克军团一边东进，一边占领经过的城市，与此同时，白卫军在捷克军团的协助下控制了从贝加尔湖到乌拉尔山区之间的西伯利亚铁路大部分地段。

在与新生的苏俄红军的早期战斗中，训练有素的捷克军团取得连连胜利。到了9月，捷克军团和白卫军肃清了整个铁路沿线的红军。

而在离占领叶卡捷琳堡几天前，由于担心沙皇成为聚集各种力量大旗，当地契卡在撤退之前根据最高层的命令处决了羁押于此的末代沙皇尼古拉二世全家。

不过到了1918年秋季，局势开始对捷克人不利，苏俄红军的转入反攻，9月10日占领喀山，一个月后占领萨马拉，战斗中捷克军团有不小的伤亡。

1919年夏秋，高尔察克军队在苏俄红军进攻下崩溃。当年11月14日，苏俄红军占领高尔察克政权的首都鄂木斯克。

捷克军团随着高尔察克军队的败退沿着西伯利亚铁路向东撤退，这个过程中不适应俄国冬季的捷克军团减员严重。

这件事严重打击了捷克军团的士气，于是在1920年2月7日在法国驻西伯利亚军事代表团团长，代表协约国安排捷克人出路的莫里斯·雅南将军和捷克军团领导人西罗维将军的指令下，把在下乌金斯克的高尔察克等人交给了伊尔库茨克社会革命党的地方当局。

根据比较可信的说法，这个时候捷克军团缴获了高尔察克手中的金砖，并拿出其中的七车皮作为“买路钱”换取安全退出。

1920年春，该军队的各部队被集中遣往远东的符拉迪沃斯托克（海参崴），此后从那里被陆续遣返回国。

1920年1月15日，第一艘运载捷克军团的船从海参崴启航。9月2日，最后一批捷克军团士兵离开了海参崴港，于11月20日抵达布拉格。

随同捷克军团撤离俄国