军中关于杨芳的传奇故事还有不少。某次，一支官军因待遇不公而闹哗变。杨遇春督军平变，却吃了败仗，急得不知如何是好。杨芳对杨遇春说：“这批官军曾是我的部属，大家处得如兄弟一般。现在他们见了我都躲着走，显然仍记着我的好，所以我愿意一个人深入虎穴，去劝回他们。”

说完，杨芳单人独骑去了对方军营。起先，他说道理：你们难得打赢一仗也没什么了不得，该吃亏还得吃亏，如果早点投诚悔过的话，还来得及。

这些人仍然犟着脖子不为所动。见此情景，杨芳又赶紧拿多年的兄弟情说事，而且越说越激动，说得声泪俱下。男儿有泪不轻弹，何况还是老上司，众人大为感动，也跟着流下了眼泪，一场兵变奇迹般地被予以化解。

论在朝野间的名气，其时的杨芳不如杨遇春，但他却是最有可能超越杨遇春的人，而南疆平叛给予他的，正是这样的天赐良机。

1826年10月，杨芳奉命突袭柯尔坪，只带了两千多兵卒。他的老本行是侦察兵，因此非常注重侦察，无论行军还是扎营，周围随时都有探马负责察看敌情，即使突袭也不例外。这一招成了他的护身符。在距离营地仅几公里的林丛中潜藏了两千多叛军，为的就是打埋伏，但他们被杨芳的侦察兵提前发现了。一场遭遇战之后，伏击的叛军反而被杀得大败而逃。

第二天，杨芳采取两面夹击的战法，在柯尔坪将叛军牢牢夹住。双方冷热兵器一齐上，真个是杀得天昏地暗，日月无光。这一战，基本将柯尔坪守军予以全部歼灭。

柯尔坪的克复，为直取喀什噶尔创造了先决条件，但此时南疆逐渐进入冬季，大雪封山后，道路崎岖难行，官军被迫暂停进攻。

从各地调集的大军陆续集中于阿克苏，这么一块巴掌大的地方，短时间内一下子集中如此多的人马，吃穿成了最大难题。政府的后勤补给点远在陕甘，往新疆运