李氏硕果仅存一家，作为李氏家主，这一直是李仲文最大心病。

不过李渊是李唐王朝的皇帝，他心中再不满也不敢有丝毫异动，只能老老实实的当着他的巴西郡太守，因为李渊虽然任命他为骠骑大将军，但同时也把他最后的军权收回，从而使他这个骠骑大将军没有丝毫权力。所以当窦轨派人与他联络，说是要支持李世民发动宫廷政变时，李仲文毫不犹豫的投降了李世民，将忠于李渊的郡丞许洛仁给宰了，之后获得了赵国公的爵位。

这次，李仲文得窦轨引荐，成了六万大军的主帅，也算是圆了他的统帅之梦，而段元哲也确确实实是他麾下大将，不过此人依仗自己是李世民嫡系将领，十分不服李仲文这位主帅，平时更是阳奉阴违，当李世民让他们主动进攻隋朝的命令抵达巴西郡，李仲文和段元哲在进军方向上出现了矛盾。

李仲文认为汉川郡是隋朝占领了多年的疆域，即便他们偷袭成功也是后续乏力，一旦尉迟恭从顺政郡回师，得不到汉川军民支持的唐军最后也只能带着遗憾退回，与其牺牲无数将士做此无用功，倒不如进攻通川郡，毕竟唐朝在这里的民众基础比较好，而隋军刚刚攻占不久，正处于比较混乱的权力交替过度期，若是唐军在此打开局面，那么则能把隋军抵回西城郡，并且还能和张士贵、侯君集连成一片，而汉川方向，只需让小股军队驻守三大险关便可将隋军御于国门之外，然而，因为‘一人得道、鸡犬升天’的段元哲打仗是把好手，但在战略战术方面却半点不通，他与李仲文执了相反的意见。

李仲文这个新任统帅根本压制不了段元哲，而军中许多将领也图北击汉川便捷，无奈之下，李仲文只好顺着众人心意，对段元哲进行妥协，让他带领一万士兵北击汉川郡，至于自己，则是打算通过清化郡进军通川郡，结果他这边才到仪陇县，就收到了三关失守、段元哲全军覆没的消息，于是迅速退兵，企图夺回三关所在的普安郡。