，宗马钰的遇仙派，宗王处一的嵛山派，宗郝大通的华山派，宗孙不二的清静派。其中以龙门派势力最大，记载也较多，其余六派所知甚少。至清初，龙门派经王常月之中兴，龙门派更盛于其他各派。除此全真嫡系七派外，又有明初张三丰所传的支派，万历间陆西星所传内丹东派，清嘉、道间李西月所传内丹西派，盖皆属全真道之旁系。以上派系再经繁衍，在明清时期，又分化出更多的小派。据《诸真宗派总簿》所载，即有八十六派。

这些小派别，往往都声称自己是正宗全真，马真人所掌的全真，就是邱处机的七真派，之所以马真人会在通天观而不在白云观，完全是因为一些历史原因造成的.。