灵笼的动画剧情，是以一个猎荒者小队，探索一个飞船遗址的故事开始的，队长的名字叫做马克，是一个长得比实际年龄要老不少的青年，实际年龄才27岁，却因为一脸的络腮胡子，看上去30+的样子，不过，这种打开方式的好处是，这人一看就是那种成熟稳重的男人，深沉而内敛，大海一样的眼眸里，只有故事没有酒。

这一次的任务很不顺利，猎荒者们遭遇了噬极兽袭击，损失了一位十分亲密的队友，才好不容易带着物资回到当时人类所知的最后的避难所——灯塔。

因为一个机缘巧合，原本没有接触过灵笼科技时代顶级武装——重立体的一位尘民4068，第一次登上了这个简直是男人梦想的战争机器，他的生命里不认命的因子，也因为这一次的意外而被彻底激发了出来，甚至试图与灯塔上灭绝人性的三大法则对抗，与尘民的身份和命运对抗。

而作为当时人类最后一个避难所的灯塔，虽然人口不多，却也有着巨大的内部矛盾。

灯塔上唯一的宗教光影会的会长查尔斯，对身为猎荒者小队队长的马克，敌意非常的深，尤其是在摩根城主宣布马克将成为灯塔的下一任掌舵人之后，查尔斯更是逐渐陷入了魔怔，双方发生了数次明里暗里的冲突……最严重的的一次，安排了马克的恋人冉冰，和自己的属下去金色大厅完成繁衍仪式，引发了马克硬闯金色大厅，和冉冰两人双双违规。

但很可惜的是，这样没能让马克凉凉，所以，在后来马克集结猎荒者，去为摩根城主取药的过程中，查尔斯会长更加直接了，就逼迫4068去找机会杀死马克了。

为了自己心爱的女孩4277的生命安全，如蝼蚁一样的尘民4068，无力拒绝查尔斯会长，在全队遭遇花萼兽袭击之后，他找到了一个完美的机会，给马克队长的脖子上，重重地来了一刀……

可是，谁也没想到，原本已经应该