崇祯七年，擢右佥都御史，巡抚宣府。
崇祯九年，陈新甲母亲去世，他辞职回家守丧。
崇祯十一年，受杨嗣昌推荐，擢兵部右侍郎兼右佥都御史，总督宣大，成为了宣大总督。
崇祯十三年，陈新甲担任兵部尚书。自弘治初年贾俊以后，只有陈新甲以举人身份做到了二品尚书职位。
崇祯皇帝想着这些，没觉得有什么特别的，便疑惑地问道：“先生之意，朕不甚明白，他的履历中有何问题？”