后因人、兽过度繁衍，时有冲突。

后来，神农神秘消失，兽类中出现了一个具有极高智慧的统御者：蚩尤，乃是神农之子。

不久，蚩尤率领兽族向人类开战，意图独占大地。

人类得到神族援手，在神将轩辕氏的指挥下击败蚩尤大军。

蚩尤拼尽余力，打开异界通道，将残部送达异界。

蚩尤残部在异界逐渐修炼成魔，“魔界”也逐渐形成。

而蚩尤所打开的通道，后世称之为“神魔之井”。

神魔之井是连通神魔两界的唯一通道，神魔两方在里面设有重重障碍，并派重兵防守，严禁两界生灵通过。

此役之后，伏羲以对抗魔界为名，在神界建立了等级制度，并自封为“天帝”，规定神的地位高于人类，由神族统治大地，而人类必须服从神。

数万年下来，神族渐渐腐败，人类也对神的积怨已久，终于爆发起义。

天帝下令镇压，遭到人类顽强抵抗。

天帝恼怒，下令女娲毁灭人类，重新创造敬神的新人类，女娲抗命不从，并下凡来维护人类。

女娲虽然率领人类对抗神界，挽救了人类的命运，但大部分人类遭到神族的屠杀。

最后，天帝封闭天界之门，下令神不得任意到人界，从此人神二界完全隔绝。

而后，兽类中偶有经过修炼，激发出自身继承的神农力量，成为具有特殊能力的“妖”。

人类经过修炼也能激发出自身继承的女娲灵力，修成为“仙”。

妖和仙的形成除了和天赋以及修炼有关外，还和地气有关。

因此，妖和仙聚集之地，便形成了“妖界”和“仙界”。

这就是整个仙剑世界的大背景。