前两部的剧情，联系比较紧密，时间线也是连在一起。

而第三部，则发生在燕赤霞死后的许多年，故事十分独立，除了兰若寺、树妖姥姥、黑山老妖和冒牌的燕赤霞以外，其他的，都与前两部没有关系。

倩女幽魂前两部的故事很简单。

书生宁采臣赴郭北县收帐，因为身无分文，来到兰若寺投宿，被寺内道士燕赤霞所拒，于是宁采臣偷偷潜入寺中。

入夜，宁采臣被一阵琴音吸引，邂逅少女聂小倩。

聂小倩被树精姥姥胁迫，想要加害宁采臣，幸好燕赤霞赶到，救下宁采臣。

宁采臣善良正直，又多情，没有发现聂小倩想要害他，还喜欢上了聂小倩。

聂小倩被宁采臣的善良正直所感动，心生爱意。

树精姥姥逼聂小倩杀宁采臣，聂小倩不肯，姥姥命众女鬼欲杀宁采臣与小倩，燕赤霞再次出现，救下二人，姥姥重伤。

此时，宁采臣才知聂小倩是一个游魂，受树精姥姥控制，每夜四处寻找壮男，给姥姥吸取阳精。

为了让小倩投胎转世，宁采臣答应将其尸骨送回乡间安葬。

不料，聂小倩却被地府黑山老妖抢去为妻。

后来，宁采臣在燕赤霞的帮助下，救回了小倩，将她送进了轮回转世。

再往后，燕赤霞隐居兰若寺，宁采臣在回乡途中，无辜被牵连入狱，幸得狱中通天博学士诸葛卧龙相助逃狱。

逃狱后，宁采臣与昆仑派道士知秋一叶纠缠上，从误会以至相交，后一起投宿于一荒废山庄。

随后又偶遇傅家姐妹。

后来，众人合力救下了傅家姐妹的父亲傅天仇，并且得知了当朝国师慈航普度是一只蜈蚣精。

在燕赤霞的帮助下，众人终于杀死了为祸人间的慈航普度，傅清风也决定陪着宁采臣和燕赤霞浪迹天下