到六月中旬，参劾张居正的奏章已达四十余本。

在弹劾张居正的初期，朱翊钧还未觉察出起了朝争。因为张居正秉政后，每个月都有给事中参他——此为祖宗家法中的上下相制之法。

具体操作如下：若朱翊钧想换了张居正，只要在每月都有的弹劾张居正的奏章中选出一本交付廷议，张居正就不能安其位，非请辞不可。

当然，此类奏章都不是什么大过错，一般都是张居正穿衣戴帽不整齐或者朝会说话前乱咳嗽之类的小毛病，偶尔有些‘府邸壮丽不下王公’之类较大的，朱翊钧就得有所表态。例如去年他就安排中官往张居正家里送两幅大字，“壮老先生府邸声色”。如此一来，朝廷都知道张居正圣眷如故。

但是，朱翊钧留中、圈阅几本以后，这奏章还是雪片似来，即知道是保守势力开始第一波反击。朱翊钧本来想和张居正沟通一下，但看他几次小会提都不提。有点稳坐钓鱼台，八风不动的意思，朱翊钧也就按下心思，静观其变。

万历二年六月二十日，南京户科给事中余懋学的一篇奏章，为此次‘逆流’攻击中的高峰，集大成者，终于把稳稳的张居正和朱翊钧都撩拨恼了。

余懋学在奏章中“陈五事”，一曰崇惇大。余懋学直接攻击皇帝道：“陛下临御以来，立考成之典，复久任之规。申考宪之条，严迟限之罚，大小臣工鳃鳃奉职。然臣所过虑者，政严则苛，法密则扰，非所以培元气存大体也。昔皋陶以宽简赞帝舜，姬旦以惇大告成王。愿陛下远宪二君，留心柔克，持大体而略繁文，矜微瑕而宥小眚。”

这段话的大意就是，皇上你搞考成法太严了，大小臣工无法“培元气存大体”。余懋学还给朱翊钧举了两个正面例子：皋陶对臣下、人民很宽简，周公告诉成王施政要敦厚宽大。

余懋学想让皇帝怎么个敦厚宽大呢？余懋学道：“纶綍本之和平，而不数下切责之旨。